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梅野研究室は原子シミュレーションや第一原理解析によりナノ材料の力学物性とマルチフィジックスの研究を行っています.

東京大学生産技術研究所

革新的シミュレーション研究センター 梅野研究室


Developed codes and technical note for installation

MDSPASS
(Molecular Dynamics Simulation Package for Analysis of Solid Systems)

Fortran90で書かれたMD計算パッケージ.(公開準備中)
主な機能:
  • わかりやすい入力データファイル(解析条件ファイル・初期構造ファイル).
  • 多様なポテンシャル関数(LJ, Morse, EAM, MEAM, Tersoff, Brenner, Shell Model).
  • 温度一定(速度スケーリング/能勢法),応力一定等のアンサンブルに対応.
  • 構造緩和アルゴリズムを複数用意.
  • XCrysDen, Atomeye等のアウトプットファイル形式に対応.
  • VASP形式の構造ファイルを出力可能.

MDSPASS2 最新情報はこちら

GLUT/GLUI/C++で書かれたリアルタイム3D描画機能を備えたMDパッケージ.(公開準備中)
主な機能:
  • GLUTによる構造の3D描画.MD計算中にリアルタイムに表示可能.
  • GLUIによるグラフィカルユーザーインターフェース.
  • 対応ポテンシャル関数:Morse, EAM, Tersoff, Brenner, Dipole (for oxides), ADP (angular dependent potential)
  • Quasicontinuum(QC)法が使用可能.メッシュ切りはGUIで簡単に行える.
  • 初期構造生成のGUIを装備.特にカーボンナノチューブモデル(単層,多層)の容易な作成.
  • GPGPUによる高速計算(開発中).
MDSPASS2のスクリーンショット(クリックで拡大)

TBMD

Tight-Binding(強束縛近似)法によるMDパッケージ.

FMPF

Force matching法による原子間ポテンシャルフィッティングパッケージ(potfitベース).

*以下は内部向け情報です*

Windows 7, Microsoft Visual C++ 2008 Expressでのgluiのインストール

  • glut のインストール
    1. Windows 用の glut である,glut-3.7.6-bin.zip を入手、展開
    2. glut32.dll を C:\WINDOWS\system に入れる
    3. glut.h を C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\include\GL に入れる (GLディレクトリを作成する必要がある)
    4. glut32.lib を C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\lib に入れる
  • glui のインストール
    1. glui-2.36.zip を入手、展開
    2. 展開したディレクトリ中の msvc\glui.dsw を読み込む(C++ 9.0 形式に自動的に変換される)
    3. バッチビルド ですべてにチェックを入れて,ビルドする
    4. サンプルプログラムの動作を確認.(例えば,左ウインドウでexample1.cppをダブルクリックしたのち,ビルド=>example1のリビルドを実行すれば\binディレクトリにexample1.exeが作成される)
    5. glui.hをC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\include\GLに入れる.
    6. glui32.libをC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\lib に入れる.

足りないランタイムdllをインストール

vcredist_x86.exe

Lapackのインストール

1.http://www.netlib.org/clapack/ よりCLAPACK3-Windows.zipをダウンロード.
2.clapack.dswをダブルクリックするとC++9.0形式に変換される.
3.バッチビルドでblas, clapack, libF77, libI77のReleaseをチェックし,ビルドする.
4.できたライブラリblas.lib, clapack.lib, libF77.lib, libI77.libをC:\Windows\systemにコピー.
5.Visual C++でプロジェクト(自分のコードの)を開き,プロジェクト=>プロパティ=>構成プロパティ=>リンカ=>全般で追加のライブラリディレクトリに"C:\Windows\system"を追加,リンカ=>入力の追加の依存ファイルに上記のlibファイルを記入.C/C++=>コード生成のランタイムライブラリは"/MD".
6.これで自分のコードがビルドできるはず.

libpngのインストール

Visual C++ Express 2008での方法

1. http://libpng.sourceforge.net/index.htmlからソースをゲット(lpng1510.zip)
2. http://zlib.net/からzlibのソースをゲット(zlib127.zip)
3. まずlpng1510.zipを展開.(lpng1510というディレクトリができる)
4. zlib127.zipを展開する.zlib127というディレクトリができるが,これをzlibにリネームし,lpng1510が置かれているディレクトリにコピーする.(あるフォルダにlpng1510ディレクトリとzlibディレクトリが置かれている状態にする)
5. Visual C++ Express 2008を起動し,ファイル→開く→プロジェクト/ソリューションから,lpng1510/projects/visualc71/libpng.slnを開く.
6. ツールバーで「DLL Release」を選択して,「ビルド」より「libpngのビルド」を実行.
7. libpng1510/にあるpng.hとpnglibconf.hとpngconf.hをC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\includeにコピー.
8. libpng1510/projects/visualc71/Win32_DLL_Release内にできるライブラリ(libpng15.lib)をC:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\libにコピー.さらにその下のZLib/zlib1.libも同じ場所にコピーする.
9. libpng1510/projects/visualc71/Win32_DLL_Release内にできるlibpng15.dllと,さらにその下のZLib/zlib1.dllを C:\WINDOWS\systemにコピー.
※なぜかプログラムソース内で#pragma comment(lib, "libpng15.lib")という1行を書いておき,ライブラリを直接指定する必要があった.glut, glui等では必要なかったんだけど.